Después de haber aparecido en Wanderers con solo 17 años para quedarse con el arco bohemio, pasó por Nacional y rápidamente se fue a Italia para defender a la Lazio. Llegó muy joven a Europa, pero antes había cosechado las primeras experiencias celestes con la Sub 17 y la Sub 20.
Fernando Muslera destacaba en el arco del equipo romano, pero en la selección aún no era su tiempo. Hasta que Tabárez se la jugó por él. Luego de que el arco celeste pasara por varias turbulencias por los bajos rendimientos de Sebastián Viera y de Juan Castillo, el DT celeste decidió el 11 de octubre de 2009 poner al entonces joven (23 años) bajo los tres palos para jugar, nada menos, que ante Ecuador en Quito. Desde ese día (victoria 2-1) se convirtió en el dueño del arco uruguayo.
Hoy, con 32 años recién cumplidos (16 de junio), está jugando su tercer Mundial, potencialmente puede jugar aún dos más y este lunes rompió un nuevo récord.
Primero llegó a 80 partidos con la selección y superó a Rodolfo Rodríguez como el golero con mayor cantidad de presencias. Luego igualó a otra leyenda de la portería como Ladislao Mazurkiewicz como el futbolista que defendiendo a Uruguay tiene más presencias en la Copa del Mundo y precisamente esa marca la rompió con el partido contra Rusia. Llegó a los 14 encuentros mundialistas, marca que nadie más posee.
A su vez este partido significó el número 100 defendiendo a Uruguay, conviriténdose en el séptimo futbolista celeste que se mete en el club de las tres cifras. Maximiliano Pereira (125), Diego Godín (119), Diego Forlán (113), Cristian Rodríguez (105), Edinson Cavani (104) y Luis Suárez (101) son los otros.
